Cemaat operasyonları kapsamında hakkında açılan davada tutuksuz yargılanan Alkan, Gaziantep’te kendi yayın dağıtım şirketini kurdu. Yaşadığı stres ile birlikte tüberküloz hastalığına yakalan Zeki Alkan vücudunun dirençsiz kalması sonucu hastaneye kaldırıldı. Ancak 2 çocuk babası Alkan, iftar vaktinde geçirdiği kalp krizi sonucu vefat etti.